SMARTdenovo（CentOS7.6 鲲鹏） 鲲鹏

SMARTdenovo是PacBio和Oxford Oxford（ONT）数据的从头汇编程序。它从所有对所有原始读取比对中生成一个程序集，而没有纠错阶段。它也提供了生成精确共识序列的工具，尽管为了获得更高的准确性，仍然需要依赖于平台的共识抛光工具（例如，PacBio的Quiver或ONT的Nanopolish）。

SMARTdenovo由几个单独的命令行工具组成：wtzmo用于读取重叠，wtgbo用于挽救丢失的重叠，wtclp用于识别低质量区域和嵌合体，以及wtcns或wtmsa来产生更好的单位一致性。该smartdenovo.pl脚本提供了一个方便的界面，可以一次性调用这些程序。如果您不关心SMARTdenovo的内部，则可以简单地运行：

/path/to/smartdenovo/smartdenovo.pl -p前缀-c 1 reads.fa > prefix.mak
使-f prefix.mak

它在包含的同一目录中调用其他SMARTdenovo可执行文件 smartdenovo.pl。组装后，原始单位记录在文件中 prefix.lay.utg，共识单位记录在中prefix.cns。